A lo largo de su historia, la UPAEP ha sido sede de múltiples campeonatos nacionales en diferentes competencias y deportes. Las Águilas han aprovechado el recibir las fases finales, pues tienen múltiples títulos conseguidos ya sea en el viejo o el nuevo Nido.
La primera de ellas fue un caso especial, pues la Universidad fue sede del Nacional de Primera Fuerza de Básquetbol pero la final se jugó en el gimnasio del Club Alpha 2. Bajo la batuta de Carlos Aminzade, las Águilas consiguieron su primer título de CONADEIP en cualquier deporte.
Diez años después la UPAEP volvió a recibir las finales de CONADEIP bajo el formato de Conferencia de Primera Fuerza. Esta competencia representó la despedida de Javier Ceniceros, Tomás Mundo y Rubén Osorio como jugadores emplumados y el primer título como entrenador de Bernardo Córdova. En la final vencieron al CEU por 20 puntos (95-75).
Al siguiente año el mismo Córdova llevó a las Águilas a ganar su primera y única Liga Nacional de Básquetbol Estudiantil (LINABE). El título se consiguió a costa de la UDLAP por marcador de 88-52; ahí los hermanos Horacio y José Antonio Villar ya brillaban en la quinteta rojiblanca junto a Omar Kuri.
El primer título que consiguió Javier Ceniceros como entrenador de UPAEP fue en casa con la Corona Universitaria en 1995. Los hermanos Villar mantenían su nivel y ya aparecía el nombre de Patricio García con los poblanos.
Cuatro años después, UPAEP repetiría la hazaña dentro del póker de títulos entre 1999 y 2000: Corona, Liga de Clubes, CONADEIP y Universiada. Eran los tiempos de Víctor Thomas, Sadol Martínez, Patricio García y David Barrantes.
Para terminar con el básquetbol varonil, en el 2012 la Universidad fue sede del Final Four de la CONADEIP. Los pupilos de Javier Ceniceros vencieron en semifinales al CEU y en la final al Tec de Monterrey 84-72 en lo que sería el preámbulo del histórico doble campeonato. En este torneo el MVP fue para Ricardo Calatayud y Héctor Aguilar estuvo dentro del cuadro ideal.
En la rama del Juvenil C, en noviembre de 1997 el equipo de UPAEP recibió el campeonato nacional CONADEIP de la categoría para refrendar el título de 1996. Dirigidos por Bernardo Córdova y guiados por Víctor Thomas (MVP), las Águilas vencieron en la final a la UP por 67-59.
El primer título en la historia del básquetbol femenil se dio en casa y fue la Corona Universitaria de 1996. Las comandadas por Ramiro Condado derrotaron de forma dramática al ISEC.
21 años después, ya bajo el mando de Javier Ceniceros, la quinteta femenil consiguió el campeonato Ocho Grandes de la Liga ABE en casa. Tras despachar al Tec Querétaro y el Cetys, derrotó en la final al Tec de Mty por 57-51. En aquella ocasión Laura Núñez fue MVP y cuadro ideal junto a Ingrid Martínez.
Después de haber ganado el campeonato en la UVM Querétaro, los equipos de Taekwondo recibieron el Campeonato CONADEIP con refuerzos de talla internacional. Marlén Corrales, Jair Pimentel y Jaime Barrón fueron claves para conseguir el primer lugar por equipos tanto en la rama femenil como en la varonil.
Las dos generaciones más exitosas del fútbol en UPAEP también consiguieron coronarse en casa, en el antiguo CIU de Cholula. El equipo comandado por Paul Moreno y que incluía, entre otros, a los hermanos Gámez, Mónico y Ugalde ganó la Corona Universitaria.
Los pupilos de Raúl Gutiérrez se coronaron también en casa en el Torneo de Copa avalado por la FMF. El 18 de junio de 2004 UPAEP venció por 5-0 al Tecnológico Madero de Tamaulipas con goles de Noé Ugalde, Pablo Hernández y Cristian Villatoro.
