El programa cantera se define como la formación de estudiantes-deportistas que llevan un proceso de Prepa a Universidad. A lo largo de la historia pocos han sido capaces de ser campeones como estudiantes de Prepa y posteriormente como universitarios con las Águilas UPAEP.
Jesús Benítez fue monarca del CONADEIP Juvenil C 2015 en peso fly. Tres años después consiguió la medalla de oro -ya como universitario- en el Nacional CONADEIP de UDLAP 2018 y se convirtió en bicampeón (fin) en Tec CEM 2019.
Hace una década Christian Villarroel fue campeón en el CONADEIP realizado en casa; al año siguiente consiguió la medalla de oro en CONADEIP 2011 primera fuerza y tres años después hizo lo propio en la Universiada Nacional de Sinaloa 2013.
En cuanto a formas se refiere, Edwin Vilchis fue campeón en pareja mixta en 2015 junto a Ana Peña y en su etapa como universitario consiguió el primer lugar individual de primera fuerza en Tec Santa Fe 2017.
Luis Gerardo Ávila fue campeón de salto de altura en Juvenil C 2011; en su paso como universitario fue monarca en 400 c/vallas en UDLAP 2014 y en el relevo 4x400 en el Tec Mty 2015.
En básquetbol Bernardo Huerta y Martín Álvarez fueron campeones del Juvenil C de 1990. Al pasar al equipo universitario, el primero fue monarca de CONADEIP 1992 y LINABE 1993; mientras que el segundo lo hizo en la LINABE.
Para el bicampeonato que Prepa UPAEP obtuvo en CONADEIP en 1996 y 97 Víctor Tomas, Juan Pablo Bravo y Julio César Everardo fueron elementos de aquella proeza.
Posteriormente Víctor Tomas sería campeón de aquel triplete del 99: Torneo por la Corona Universitaria, Liga Nacional de Clubes y CONADEIP; además de la Universiada Nacional del 2000.
Por su parte Juan Pablo Bravo y Julio Everardo fueron cómplices en los campeonatos CONADEIP de 2002, 05 y 06; sumado al título de Alianza Nacional 2005.
